📄 systems biology

Predicting Cerebral Pericyte Contractility Across Experimental and Physiological Conditions: an in-silico framework

यह अध्ययन एक बहु-स्तरीय इन-सिलिको (in-silico) ढांचे को प्रस्तुत और मान्य करता है जो पेरिसिट (pericyte) इलेक्ट्रोफिजियोलॉजी और इंट्रासेल्युलर कैल्शियम गतिकी को संवहनी दीवार यांत्रिकी से जोड़ता है, जो सेरेब्रोवैस्कुलर विकृतियों के लिए चिकित्सीय रणनीतियों का समर्थन करने हेतु विविध प्रयोगात्मक और औषधीय स्थितियों में केशिका संकुचनशीलता (capillary contractility) की सफलतापूर्वक भविष्यवाणी करता है।

Coccarelli, A., Al-Areqi, A., Harraz, O. F.2026-09-03
📄 systems biology

The trade-off between parsimony and model complexity for understanding biomedical mechanisms from mathematical models

यह शोधपत्र डिम्बग्रंथि के कैंसर (ओवेरियन कैंसर) की मॉडलिंग के माध्यम से यह प्रदर्शित करता है कि यद्यपि AIC और BIC जैसे सांख्यिकीय मानक फिट की सुस्पष्टता (गुडनेस-ऑफ-फिट) और मितव्ययिता (पार्सिमनी) के बीच संतुलन बनाने में मदद करते हैं, तथापि सबसे जैविक रूप से व्यावहारिक मॉडल का चयन करने के लिए अनिश्चितता (अनआइडेंटिफिएबिलिटी) और ओवरफिटिंग से बचने हेतु सांख्यिकीय सरलता और आवश्यक शारीरिक तंत्रों के समावेश के बीच एक सुविचारित समझौता करना आवश्यक है।

Lamirande, P., Brunetti, M., Easlick, T., Beigmohammadi, F., Craig, M.2026-09-01
📄 systems biology

Regulatory stochasticity drives opposing phenotypic outcomes in cell-fate decision networks

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि जीन नियामक अंतःक्रियात्मक सामर्थ्य में लौकिक उतार-चढ़ाव—विशेष रूप से योगात्मक बनाम गुणात्मक शोर—सह-अभिव्यक्ति और एकल-उच्च अवस्थाओं की अधिभोग (occupancy) को विभेदकारी रूप से पुनर्गठित करके कोशिका-भाग्य निर्णय नेटवर्क में विपरीत फेनोटाइपिक परिणामों को संचालित कर सकते हैं, जिससे विकासात्मक प्रणालियों को या तो पूर्वज-समान (progenitor-like) या पूर्णतः विभेदित भाग्यों की ओर धकेला जा सकता है।

Hari, K., Gupta, A., Shivakumar, L. M., Kulkarni, P., Salgia, R., Jolly, M. K., Levine, H.2026-08-26
📄 systems biology

Cross-Study Transcriptomic Meta-Analysis Reveals Conserved Adaptive Programs in Escherichia coli K-12

यह अध्ययन एस्चेरिचिया कोली (Escherichia coli) K-12 के कई एडेप्टिव लैबोरेटरी इवोल्यूशन प्रयोगों से प्राप्त ट्रांसक्रिप्टोमिक डेटा को एकीकृत करता है ताकि 109 जीनों के एक संरक्षित कोर की पहचान की जा सके जो विविध विकासवादी प्रक्षेप पथों (evolutionary trajectories) में गतिशीलता (motility), कीमोटैक्सिस (chemotaxis), परिवहन और बायोफिल्म कार्यों को निरंतर पुनर्गठित करते हैं।

Golmohammadi, M. J.2026-08-24
📄 systems biology

Evidence-constrained mechanistic synthesis for drug discovery

यह शोध पत्र एविडेंस-कंस्ट्रेंड मैकेनिस्टिक सिंथेसिस (ECMS) प्रस्तुत करता है, जो एक ढांचा है जो विषम जैविक साक्ष्यों को यांत्रिक परिकल्पनाओं के एक निश्चित समूह पर बाधाओं में परिवर्तित करता है ताकि साक्ष्य, अनिश्चितता और निर्णय संबंधी प्राथमिकताओं के विशिष्ट निरूपणों को संरक्षित करते हुए दवा शासन चयन को अनुकूलित किया जा सके।

Sengupta, D., Panda, S.2026-08-19
📄 systems biology

Quantitative Modeling of TLR Signaling Reveals Missing Negative Feedback Guiding Identification of TANK-IKKε Checkpoint

TLR4 सिग्नलिंग के एक मात्रात्मक नियम-आधारित मॉडल को विकसित करके, जिसने मार्ग के निष्क्रिय होने की भविष्यवाणी करने में निरंतर विफलता को प्रकट किया, शोधकर्ताओं ने एक पूर्व अज्ञात TANK-निर्भर IKKε चेकपॉइंट की पहचान की जो सूजन को नियंत्रित करने के लिए MyD88-IRAK1-TRAF6 मॉड्यूल को नकारात्मक रूप से नियंत्रित करता है।

Manes, N. P., Zhang, F., Lin, B., Sun, J., Hassan, S. A., Armstrong, A. A., Shao, Y., Calzola, J. M., Kaplan-Stafford, P (…)2026-08-16
📄 systems biology

Growth costs of protein allocation in models of growing cells

यह शोध पत्र बढ़ते हुए कोशिकाओं में उप-इष्टतम प्रोटीन आवंटन की फिटनेस लागतों को मॉडल करने के लिए एक गैररेखीय विकास संतुलन विश्लेषण (GBA) ढांचे को प्रस्तुत करता है, जो यह प्रदर्शित करता है कि जटिल संसाधन व्यापार-बंद (trade-offs) और एंजाइम काइनेटिक्स को ध्यान में रखने से प्राप्त भविष्यवाणियां प्रयोगात्मक पैटर्न के अनुरूप होती हैं और मेटाबॉलिक इंजीनियरिंग के लिए एक व्यावहारिक उपकरण प्रदान करती हैं।

Szeliova, D., Liebermeister, W., Lercher, M., Dourado, H.2026-08-13
📄 systems biology

Metabolomic, lipidomic, and N-glycomic analyses of a human cell model of Krabbe disease reveal treatable deficits in glycosylation and serine-ceramide metabolism

यह अध्ययन मानव क्रैबी रोग (Krabbe disease) मॉडल के मल्टी-ओमिक्स विश्लेषण का उपयोग करके नवीन चयापचय संबंधी अनियमितताओं को प्रकट करता है, जिसमें उन्नत 'डी नोवो सेरामाइड' संश्लेषण और बाधित 'N-ग्लाइकोसिलेशन' शामिल हैं, जो टेज़ासेफ्टोर-मध्यस्थता वाले सबस्ट्रेट न्यूनीकरण और गैलेक्टोज पूरकता से जुड़ी आशाजनक चिकित्सीय रणनीतियों का सुझाव देते हैं।

Starosta, R., Saeger, H., ten Hoeve, J., Kim, S., Van Hove, J. L. K., Jiang, X., He, M., Bennett, N. K.2026-08-13
📄 systems biology

Projection criteria and information risks forzero-dimensional biological dynamics across molecular,epidemic, and ecological systems

यह अध्ययन स्थापित करता है कि स्थानिक स्टोकेस्टिक जैविक प्रणालियों को शून्य-आयामी गणना-आधारित मॉडलों पर प्रक्षेपित करने की सटीकता एक समुच्चय-दर लम्पबिलिटी (aggregate-rate lumpability) स्थिति पर निर्भर करती है, और यह प्रदर्शित करता है कि स्थानिक सहसंबंधों से प्राप्त सूचना-सैद्धांतिक जोखिम, आणविक, महामारी विज्ञान और पारिस्थितिक स्तरों पर ऐसे मीन-फील्ड सन्निकटन (mean-field approximations) की व्यावहारिक विफलता की भविष्यवाणी करने के लिए मजबूत, हस्तांतरणीय निदान के रूप में कार्य करते हैं।

Oosawa, C.2026-08-10
📄 systems biology

Improved Metabolic Flux Estimations through Compositional Data Analysis

यह शोध पत्र आइसोटोपिक मेटाबॉलिक फ्लक्स एनालिसिस (I-MFA) के लिए एक कंपोजिशनल डेटा विश्लेषण ढांचे का प्रस्ताव और सत्यापन करता है जो मानक यूक्लिडियन दूरी गणनाओं को बदलने के लिए आइसोमेट्रिक लॉग-रेशियो रूपांतरणों का उपयोग करता है, जिससे पारंपरिक तरीकों की तुलना में अनुमान त्रुटियों को काफी कम किया जा सकता है और विश्वास अंतराल (कॉन्फिडेंस इंटरवल) को संकुचित किया जा सकता है।

Carlsen, A. S., Chen, T., Cowie, N. L., Brinch, C., Groves, T., Nielsen, L. K.2026-08-10